Есть несколько возможных вариантов реализации.

Можно получить из комет сервера список авторизованных пользователей подписанных на какой-то из каналов.

1. Пользователь проходит авторизацию на комет сервере
2. Подписывается на канал вида track_* (можно использовать любое название канала, например track_online или как угодно)
3. Вы запросом к CometQL api получаете список авторизованных пользователей подписанных на канал (это уже список кто сейчас онлайн)

1. Чтобы список пополнялся новыми пользователями в режиме реального времени, то надо в js добавить обработчики на события subscription и unsubscription приходящие из канала track_online (или того на какой вы подписались)

Запросом к CometQL api получаете список авторизованных пользователей подписанных на канал

mysql> SELECT * FROM users_in_pipes WHERE name = "track_online";

CometServer().subscription("track_online.subscription", function(msg)
{
    // Обработка события что кто то зашёл на сайт и подписался на канал track_online
});	
CometServer().subscription("track_online.unsubscription", function(msg)
{
    // Обработка события что кто то покинул сайт и/или отписался от канала track_online
});	

Пример:

Пример отключения от комет сервера при потере фокуса окном. И подключении к комет серверу при получении фокуса. События подключения и отключения генерируют события в канале track_online у всех кто на этот канал подписан.